Сергей Степашин родился 2 марта 1952 г. в китайском городе Порт-Артур в семье морского офицера. До трех лет жил в Китае.
В 1973 году окончил в Ленинграде Высшее политическое училище МВД СССР, в 1981 году - Гуманитарную военную академию (бывшая Военно-политическая академия им. Ленина). Кандидат исторических наук. Доктор юридических наук. Генерал-лейтенант.
В 1973 - 1990 гг. служил во Внутренних войсках МВД, после окончания академии преподавал в Высшем политическом училище Министерства внутренних дел СССР, г. Ленинград.
В 1987 - 1990 гг. неоднократно выполнял задачи в "горячих точках" - Баку, Фергане, Нагорном Карабахе, Сухуми.
В марте 1990 г. был избран народным депутатом РСФСР по 112 Красносельскому территориальному избирательному округу Ленинграда.
На I съезде в июне 1990 г. был избран в Верховный Совет РСФСР и возглавил подкомитет Комитета Верховного Совета по делам инвалидов, ветеранов войны и труда, социальной защите военнослужащих и членов их семей.
На II съезде народных депутатов в декабре 1990 г. вместе с Дмитрием Волкогоновым и Сергеем Шахраем стал одним из организаторов фракции "Левый центр", которая на тот момент объединила около 1/8 всего депутатского состава. Был сопредседателем и координатором фракции.
Во время попытки государственного переворота в августе 1991 г. работал в "Белом доме", принимая участие в сопротивлении перевороту.
Сразу после провала попытки переворота возглавил Государственную комиссию по расследованию деятельности КГБ, созданную по приказу Михаила Горбачева ("комиссия Степашина"). Итогом работы этой комиссии стал отчет в нескольких томах, который для широкой общественности остается тайной. Степашин заявил все же, что руководству КГБ принадлежит одна из ключевых ролей в подготовке и проведении августовских событий. Он сказал также, что подготовка велась, по крайней мере, с осени 1990г. Комиссия воздержалась от публикации материалов, как говорил Степашин, по просьбе Генерального прокурора Валентина Степанкова.
С февраля 1991 по сентябрь 1993 г.г. - председатель Комитета Верховного Совета Российской Федерации по вопросам обороны и безопасности.
В декабре 1991 г. был назначен начальником управления Министерства безопасности и внутренних дел России по Санкт-Петербургу и Ленинградской области (в начале января 1992 г. МБВД переименовано в Агентство федеральной безопасности, 24 января 1992 г. – в Министерство безопасности России).
В 1992 г. - заместитель министра безопасности Российской Федерации.
В апреле 1992 г. подал в отставку с поста председателя комитета Верховного Совета, оставшись заместителем министра безопасности. Принимал активное участие в создании российских органов безопасности и переводе территориальных структур КГБ из союзного в российское подчинение. Верховный Совет отставку Степашина не принял и обратился к Президенту РФ Б. Ельцину с просьбой оставить его на парламентской работе.
В сентябре 1992 г. уйдя из Министерства безопасности, вернулся на постоянную работу в Верховный Совет.
22 сентября подал в отставку с поста председателя парламентского Комитета. Отставка была принята.
24 сентября Указом Президента РФ Б. Ельцина назначен первым заместителем министра безопасности. В связи с этим назначением 27 сентября решением съезда народных депутатов лишен депутатских полномочий.
В ноябре 1993 г. выдвигался в Санкт-Петербурге кандидатом в депутаты Государственной Думы по Западному округу №206, но снял свою кандидатуру.
С 1993 по 1994 г.г. - первый заместитель директора Федеральной службы контрразведки Российской Федерации.
С 1994 по 1995 г.г. - директор Федеральной службы контрразведки Российской Федерации.
В 1995 году - директор Федеральной службы безопасности Российской Федерации.
С 1995 по 1997 г.г. - начальник Административного департамента Аппарата Правительства Российской Федерации.
Со 2 июля 1997 г. по март 1998 г. - министр юстиции Российской Федерации.
30 марта 1998 года Указом Президента РФ назначен исполняющим обязанности министра внутренних дел РФ. Сменил на этом посту Анатолия Куликова.
28 апреля 1998 года назначен министром внутренних дел РФ.
23 августа 1998 г. правительство Сергея Кириенко было отправлено в отставку. До назначения нового правительства являлся и.о. министра внутренних дел РФ.
11 сентября 1998 года указом Президента РФ назначен министром внутренних дел Российской Федерации.
27 апреля 1999 г. назначен первым заместителем премьер-министра, заменив на этом посту Вадима Густова.
12 мая 1999 года назначен исполняющим обязанности премьер-министра Правительства РФ после отставки Евгения Примакова.
19 мая 1999 года утвержден Государственной Думой РФ на первом голосовании и назначен указом Президента РФ (Указ Президента РФ № 611 от 19 мая 1999 г.)
9 августа 1999 года Президент РФ подписал Указ об отставке правительства Сергея Степашина (Указ Президента РФ № 1012 от 9 августа 1999 г.).
24 августа 1999 года Григорий Явлинский и Сергей Степашин выступили с совместным заявлением об объединении. "Яблоко" выдвинуло Степашина кандидатом на выборы в Государственную Думу РФ в федеральном списке и по одномандатному округу №209 в Санкт-Петербурге.
19 декабря 1999 г. избран в Государственную Думу РФ третьего созыва от Северного одномандатного избирательного округа №209 (г.Санкт-Петербург).
18 января 2000 г. на первом заседании Государственной Думы третьего созыва фракцией "Яблоко" выдвинут кандидатом на пост председателя ГД. Отвел свою кандидатуру.
В апреле 2000 г. избран Госдумой на должность Председателя Счетной палаты РФ. Депутатские полномочия были прекращены.
Награжден Орденом Мужества.
Владеет английским языком.
Женат. Супруга - Тамара Владимировна - вице-президент ЗАО «Банкирский Дом «Санкт-Петербург» (2004), входит в число владельцев ОАО "Промышленно-строительный банк" (5%). Сын - Владимир (1976 года рождения).