Родился 16 февраля 1949 г. в г. Северо-Курильск Сахалинской области.
Учился в музыкальной школе. Окончил вечерний индустриальный техникум. Окончил Дальневосточный технологический институт в 1983 г. по специальности "экономика".
С 1968 по 1970 г. служил на Тихоокеанском флоте.
С 1970 по 1980 г. работал на объединении "Бор", г. Дальногорск.
С 1980 по 1993 г.г. занимал ряд должностей в объединении "Дальполиметалл".
В 1980 г. был приглашен на работу в артель "Восток", где был механиком, затем -- заместителем председателя артели по производству.
В 1984 г. возглавил артель "Восток".
В 1990 г. в связи с преобразованием артели в Приморскую горнорудную компанию "Восток" Наздратенко был избран ее президентом. Занимал эту должность до июня 1993 г.
В 1990 г. избран народным депутатом РСФСР. Входил в состав фракции "Промышленный союз" и в "Коалицию реформ".
В августе 1992 г. организовал акционерное общество закрытого типа "Приморская акционерная корпорация производителей" (ПАКТ), учредителями которой стали директора крупнейших предприятий Приморья.
В мае 1993 г. Указом Президента РФ России назначен главой администрации (губернатором) Приморского края.
17 декабря 1995 г. Евгений Наздратенко избран губернатором Приморья.
19 декабря 1999 года переизбран на пост губернатора Приморского края. В первом туре за Наздратенко проголосовали 66,98 процентов избирателей.
5 февраля 2001 года подписал заявление об отставке с поста губернатора Приморского края.
24 февраля 2001 года назначен председателем Государственного комитета по рыболовству Российской Федерации.
13 февраля 2003 года был временно отстранен от занимаемой должности распоряжением Председателя Правительства РФ. 14 марта восстановил себя в должности собственным приказом, поскольку согласно закону о госслужбе, мог быть временно отстранен от должности не более чем на месяц. Председатель Правительства РФ не предпринял никаких шагов, чтобы юридически закрепить увольнение Наздратенко.
В апреле 2003 года освобожден от должности председателя Госкомрыболовства и назначен заместителем Секретаря Совета безопасности РФ.
Входил в Совет Федерации ФС РФ второго созыва. Был членом Комитета по вопросам безопасности и обороны.
Награжден орденом "За личное мужество" за действия во время взрыва на Новонежинских складах Тихоокеанского флота в мае 1994 г. Также награжден орденом "За заслуги перед Отечеством" IV степени.