Андрей Фурсенко родился 17 июля 1949 года в городе Ленинграде.В 1971 году окончил Ленинградский государственный университет имени А. А. Жданова. Доктор физико-математических наук (1990). В 1971 - 1991 гг. - стажер-исследователь, младший научный сотрудник, заведующий лабораторией, заместитель директора по научной работе, ведущий научный сотрудник Физико-технического института имени Иоффе АН СССР (Ленинград). В 1991 - 1993 гг. - вице-президент АО "Центр перспективных технологий и разработок" в Санкт-Петербурге. В 1994 - 2001 гг. - генеральный директор Регионального фонда научно-технического развития Санкт-Петербурга (РФНТР). С 2000 года - председатель Научного совета Фонда "Центр Стратегических разработок "Северо-Запад". С ноября 2001 по июнь 2002 года - заместитель министра промышленности, науки и технологий РФ. С июня 2002 по декабрь 2003 года - первый заместитель министра промышленности, науки и технологий РФ. С декабря 2003 по февраль 2004 года - исполняющий обязанности министра промышленности, науки и технологий РФ. 9 марта 2004 года указом Президента РФ назначен на пост министра образования и науки в Правительстве Михаила Фрадкова. В мае 2004 года после вступления в должность избранного на следующий срок Президента РФ Владимира Путина вновь назначен на пост министра образования и науки РФ.