Родился 17 марта 1963 года в рабочей семье, вырос и получил образование в городе Великие Луки Псковской области, где в 1982 году с отличием окончил строительный техникум. С 1982 по 1984 гг. служил в рядах Советской Армии, затем вернулся в родной город. Работал на заводе электротехнического фарфора, в институте Псковгражданпроект". В 1986 году Евгений Михайлов поступил и в 1991 году с отличием окончил исторический факультет МГУ им. М.В.Ломоносова, затем учился в аспирантуре кафедры истории России XIX - начала XX века. Во время обучения в университете проявил качества молодежного лидера. Выступал за развитие гласности, умеренную либерализацию, крепление государственности, патриотизм и порядок на основе права. В 1990 году Евгений Михайлов был выдвинут кандидатом на первых свободных альтернативных выборах в Моссовет и избран депутатом. Будучи секретарем комиссии Моссовета по бюджетно-финансовой политике на постоянной основе, Евгений Михайлов, совмещая работу с учебой, исследовал общественно-политические движения начала XX века и русскую общественную мысль. Разрабатывал собственную идеологическую концепцию, основанную на ценностях патриотизма, государственности и законности. Активно участвовал в становлении и развитии первых организационных форм патриотического движения. С 1993 года, начиная с программной статьи в первом номере партийной газеты "Правда Жириновского", Евгений Михайлов участвовал в работе ее редакции, став впоследствии заместителем главного редактора. В декабре 1993 года, после известных октябрьских событий, результатом которых стал разгон Верховного Совета РФ и Моссовета, баллотировался по одномандатному округу на выборах в первую Государственную Думу Российской Федерации и был избран депутатом от Псковской области. Работал в Комитете по бюджету, банкам и налогам. В 1995 году вновь баллотировался на выборах в Государственную Думу и был избран депутатом по региональному списку от Псковской, Новгородской и Калининградской областей. Продолжал работу в Комитете по бюджету, банкам и налогам, особое внимание уделял при этом проблемам своего округа, разрешению многих из которых эффективно способствовал. Редактировал популярную партийную региональную газету "Русский Запад". В 1995 году издал книгу "Бремя имперской нации", в которой изложил свое концептуальное понимание дальнейшего развития России на основе идеологии русского либерализма. В ноябре 1996 года избран Главой Администрации. Указом Президента России за большой вклад в социально-экономическое развитие Псковской области Глава Администрации области Е.Э.Михайлов в декабре 2003 года награжден орденом Почета. Губернатор Псковской области стал членом межрегионального общественного политического движения "Единство" и возглавил областное отделение этого движения. Теперь он входит в политсовет регионального отделения партии "Единая Россия".
Кроме Ордена Почета награжден Медалью Пушкина за вклад по организации мероприятий, связанных с празднованием 200-летия со дня рождения Пушкина. В ноябре 2000 года в результате выборов Главы Администрации Псковской области Евгений Михайлов был повторно избран на пост губернатора.