Сергей Сергеевич Филатов родился 23 июня 1949 года в городе Новосибирске. Здесь окончил 8 классов, ГПТУ-2, вечернюю среднюю школу рабочей молодежи, и без отрыва от производства – Новосибирский институт народного хозяйства. Трудовую биографию начал на заводе «Сибсельмаш», куда пришел после окончания профессионального училища в 1966 году. Сюда же вернулся после службы в армии.
С 1973 года работал на Новосибирском заводе бытовой химии (ныне ОАО «Сибиар»): экономистом, начальником отдела, заместителем директора, а с 1997 года – генеральным директором. Под непосредственным руководством Сергея Сергеевича Филатова ОАО «Сибиар» превратилось в одно из крупнейших в России предприятий-производителей продукции в аэрозольной упаковке, дважды, в 2000 и 2001 годах становилось призером конкурса «Тысяча лучших предприятий России». В настоящее время высококачественные разработки «Сибиара» широко представлены на российском рынке.
Сергея Сергеевича отличали высокий профессионализм, глубокое знание экономики промышленности, стремление брать на вооружение производства достижения научно-технического прогресса.