Родился в 1940 г. в станице Пластуновской Динского района Краснодарского края в крестьянской семье. Русский. Отец погиб на фронте, мать работала в колхозе. По окончании в 1956 г. средней школы вступил в местный колхоз “Красная звезда”, где работал до призыва в 1959 г. в ряды Советской Армии. В 1966 г. окончил Кубанский сельскохозяйственный институт, работал агрономом в колхозе “Красная звезда”. С 1969 г. — на партийной работе. В 1982 г. назначен генеральным директором Северо-Кавказского объединения сахарной промышленности. Затем — заведующий отделом сельского хозяйства и секретарь Краснодарского крайкома КПСС. В июне 1987 г. избран председателем Краснодарского крайисполкома, затем — председателем краевого Совета народных депутатов. Решением Президиума Верховного Совета РСФСР Н.И.Кондратенко был освобожден от занимаемой должности в связи с его действиями 19-21 августа 1991 г. Через год данное решение было признано неправомерным и отменено. После ухода с поста председателя краевого Совета работал заместителем директора предприятия “Резервтабак” по строительству и развитию.
Участник работы X Съезда народных депутатов России. Провел в Доме Советов четверо суток. Выступил на Съезде с речью, в которой убеждал депутатов в том, что Съезд выполнил свою задачу и останется вехой в истории, его работу надо приостановить, а Верховному Совету — оставаться на рабочих местах и не давать повода для кровопролития. Во время событий 3-4 октября находился в Краснодаре.
В декабре 1993 г. был избран в Совет Федерации по Краснодарскому двухмандатному избирательному округу № 25, набрав 56,88% голосов избирателей. Являлся членом Комитета по аграрной политике.
В декабре 1995 г. Н.И.Кондратенко баллотировался в депутаты Государственной Думы по Тихорецкому одномандатному избирательному округу № 43. Первоначально возглавил региональный список блока “Власть — народу!”, но затем вышел из него и выдвинулся от избирательного объединения “Отечество”. Н.И.Кондратенко уступил А.Н.Ткачеву, набрав 20,90% и опередив его лишь в пяти сельских районах.
До осени 1996 г. работал советником на предприятии “Кубаньгазпром”, преподавал в Кубанском сельскохозяйственном университете.
27 октября 1996 г. прошли выборы главы администрации Краснодарского края, в них приняли участие лишь 43% избирателей, имеющих право голоса. За Н.И.Кондратенко было подано 57% голосов. В соответствии с краевым законом выборы были признаны несостоявшимися. Краевое Законодательное Собрание внесло изменения в закон о выборах главы администрации, уменьшив необходимый минимум участия до 25%, и назначило новые выборы. 22 декабря 1996 г. Н.И.Кондратенко получил 82% голосов избирателей. Президент АО “Кубаньхлебопродукт” В.Крохмаль набрал 7,1% голосов избирателей. Действующий глава администрации Н.Д.Егоров получил 4,9%. 25 декабря 1996 г. вошел в состав Совета Федерации.
Состоял в КПСС до августа 1991 г. В феврале 1994 г. создал движение “Отечество”.